Historia Pogoni '04 Szczecin rozpoczęła się 14 marca 2004 roku. Wówczas to doszło do pierwszych rozmów, mających na celu stworzenie w Szczecinie jednego klubu fustalowego. Dotychczas, w naszym mieście, w drugiej lidze futsalu występowały dwa zespoły: Selfa Szczecin oraz NPI Szczecin - bez znaczących sukcesów. W rozmowach udział brali Maciej Karczyński (były prezes, obecnie honorowy), Krzysztof Bober (obecny prezes klubu) oraz Kazmierz Biela (były trener I zespołu). Warto dodać, że to właśnie Karczyński był inicjatorem powstania Pogoni '04. Trzy miesiące później było już wiadomo, że zespół przystąpi do rozgrywek pod nazwą Pogoń '04 Szczecin. Drugiego sierpnia 2004 roku oficjalnie zgłoszono szczeciński zespół do rozgrywek II ligi. Już w październiku tego roku odbył się pierwszy trening zespołu.

Miesiąc później, w listopadzie, zespół zainaugurował rozgrywki drugoligowe. W pierwszym meczu Portowcy pokonali Centrum Nową Rudę aż 8:2. Był to zwiastun tego, że Pogoń '04 będzie liczącym się w drugiej lidze zespołem. Portowcy zakończyli sezon na drugim miejscu, co pozwalało im grać w barażach o ekstraklasę. Wicekrólem strzelców został Radosław Kozieł, zdobywając 16 goli. Przeciwnikiem Pogoni '04, w boju o ekstraklasę, został Radan Gliwice. Pierwsze spotkanie w Szczecinie zakończyło się porażką 4:8, drugie w Gliwicach wygraną 3:2. Niestesty lepszym zespołem okazał się Radan i pozostał w pierwszej lidze. Jednak wskutek zawirowań, w efekcie których z ligi wycofały się: Baustal Kraków, Marioss Opole oraz Arpol Toruń, Komisja ds. Futsalu (obecnie Wydział Futsalu PZPN) przyznała Pogoni '04 prawo do gry w I lidze (czyli dzisiejszej ekstraklasie).

Sezon 2005/2006 Pogoń '04 rozpoczęła z dwutygodniowym opóźnieniem, wynikających z opisanych wyżej zawirowań. Zmieniono również nazwę. W miejsce Halowego Klubu Sportowego, powstała nazwa Miejski Klub Sportowy, co było efektem założenia stowarzyszenia. W pierwszym meczu w ekstraklasie Portowcy przegrali z Jango Mysłowice 2:4. Historyczną, bo pierwszą bramkę Pogoni '04 w ekstraklasie zdobył Adam Celeban.

W grudniu 2005 roku młodzieżowy zespół Pogoni '04 wystąpił w Młodzieżowych Mistrzostwach Polski Futsalu w Nowej Rudzie. Nasi gracze zajęli czwartą lokatę.

27 stycznia 2006 roku Portowcy rozegrali chyba najbardziej emocjonujący pojedynek w krótkiej historii klubu. Do Szczecina przyjechał wówczas niepokonany Clearex Chorzów - potentant rozgrywek, dominujący całą ligę. Ku zaskoczeniu wszystkich, Pogoń '04 wysoko ograła chorzowski dream-team 7:3, a ostatniego gola dla Portowców zdobył bramkarz - Marcin Markiewicz. W ostatniej kolejce sezonu 2005/06 Pogoń '04 podejmowała u siebie "pechowy" Radan Gliwice. Zwycięstwo oznaczało pozostanie w lidze, porażka - spadek na miejsce barażowe. Na siedem minut przed końcem meczu Portowcy prowadzili 4:2. Radan w trzy minuty zdobył trzy gole i zepchnął Pogoń '04 na miejce barażowe, wygrywając 5:4. Barażowym przeciwnikem Pogoni okazało się TPH Polkowice. 26 marca odbył się pierwszy mecz. Za Pogonią do Polkowic pojechała liczna grupa kibiców i był to pierwszy zorganizowany wyjazd futsalowego klubu. Portowcy, mimo prowadzenia 3:2 na 3 minuty przed końcem, nie potrafili utrzymać prowadzenia i przegrali 3:6. W Szczecinie było jednak zgoła odmiennie. Bojowo nastawiona Pogoń '04 rozniosła rywali z Polkowic aż 13:3, utrzymując się jednocześnie w ekstraklasie.

W sezonie 2006/07 drużynie wiodło się raz lepiej, raz gorzej. Podobnie jak rok wcześniej, tak i teraz, losy Pogoni '04 ważyły się do ostatniej kolejki. W ostatnim meczu Portowcy podejmowali Grembach Łódź. Tym razem nasza drużyna nie popełniła błędu sprzed roku i wspomagana kibicami, którzy wypełnili halę do ostatniego miejsca, ograła Grembach, bezpośrednio utrzymując się w lidze.

W sezonie 2007/08 Pogoń '04 osiągnęła największy sukces w dotychczasowej historii. Zajęła 7. miejsce w 13-zespołowej tabeli zespołów. To najwyższa lokata od początku występów w ekstraklasie. Zespół bezpośrednio utrzymał się w lidze, mimo tego, że spadały aż trzy zespoły, natomiast dwa grały w barażach. Siódme miejsce w tabeli strzelców zajął także Paweł Dąbrowski, który strzelił 18 goli.

Sezon 2008/09 to heroiczna walka o utrzymanie w ekstraklasie. W zespole zaszły poważne zmiany. W marketingu zatrudniono Michała Kuglera. Działacze szczecińskiego klubu zatrudnili także dwóch ukraińskich piłkarzy, Sergieja Kostyuchenkę oraz Radko Mykolę. Po raz pierwszy w historii doszło do zmiany trenera. Kazimierza Bielę zastąpił Gerard Juszczak. Szkoleniowiec utrzymał zespół w ekstraklasie, po barażach z Mariossem Opole. W czerwcu szczecinianie wygrali Futsal Baltic Cup i w nagrodę otrzymali aż 5 tysięcy złotych!

W sezonie 2009/10 kibice mieli wiele okazji do radości. Zespół był bardzo długo niepokonany (passa trwała wiele kolejek) i na koniec sezonu zameldował się na piątym miejscu w lidze. To jeden z największych sukcesów klubu. W grudniu 2009 roku prowadzony przez Gerarda Juszczaka młodzieżowy zespół Pogoni '04 wygrał Młodzieżowe Mistrzostwo Polski U-20. Działacze wprowadzili do pierwszego zespołu kilku zdolnych młodzieżowców: Łukasza Koszmidera, Artura Jurczaka i Michała Kubika. Klub zajął drugie miejsce w Futsal Baltic Cup.

Sezon 2010/11 zespół Gerarda Juszczaka rozgrywał młodym składem. Mimo tego, z łatwością utrzymał się w ekstraklasie, a przy tym wykreował kolejnego reprezentanta Polski. Do narodowej kadry trafił Michał Kubik i już w debiucie (w wieku 21 lat) zdobył premierowego gola. W trakcie sezonu w Pogoni '04 zatrudniono Brazylijczyka Douglasa Nicolau i Portuglaczka Bernardo Goncalvesa. Pod koniec rozgrywek trener podpisał nowy kontrakt, który związał go z "zero-czówrką" na kolejne dwa lata.

Najważniejsze daty w historii Pogoni '04 Szczecin:

2004 marzec 14 - pierwsze rozmowy dotyczące utworzenia w Szczecinie jednego zespołu. W spotkaniach uczestniczyli Maciej Karczyński, Krzysztof Bober oraz Kazimierz Biela.

2004 lipiec 05 - decyzja o utworzeniu drużyny o nazwie Pogoń'04 Szczecin.

2004 sierpień 02 - spotkanie w Mierzynie w biurze "Cukierni Lwowska" z osobami chcącymi wspomagać futsal w Szczecinie.

2004 sierpień 17 - wyjazd Macieja Karczyńskiego i Krzysztofa Bobera do Chorzowa, na zebranie uczestników II ligi futsalu.

2004 sierpień 02 - oficjalne zgłoszenie drużyny o nazwie Halowy Klub Sportowy Pogoni'04 Szczecin w Chorzowie.

2004 sierpień - wyjazd do Chorzowa na zebranie zespołów I i II ligi.

2004 wrzesień - podpisanie umowy z Centrum Handlowym "Piast" jako główny sponsor Pogoni'04 Szczecin.

2004 październik - pierwszy trening zespołu Pogoni'04 Szczecin.

2004 listopad 07 - pierwszy ligowy mecz w II lidze grupie Północnej w Szczecinie z Centrum Nowa Ruda, zwycięstwo 8:2 (5:2).

2004 listopad 26 - powstanie oficjalnej strony internetowej futsalu w Szczecinie.

2005 styczeń 02 - pokazowy mecz pomiędzy Pogoni'04 Szczecin, a Szczecińskimi Gwiazdami Piłki Nożnej, przekazanie koszulki z podpisami zawodników na rzecz Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy, licytacja 16 stycznia na Wałach Chrobrego.

2005 styczeń 16 - pokazowy mecz z pierwszoligowym zespołem z Chojnic "Holiday", na rzecz Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy, licytacja koszulek i upominków na Wałach Chrobrego.

2005 styczeń 30 - przyznanie przez PZPN II rundy eliminacji do Halowego Pucharu Polski rozegrana w Szczecinie, zespoły z Gorzowa Wlkp., Zielonej Góry oraz Głogowa.

2005 luty 05 - spotkanie dotyczące współpracy z...

2005 luty 06 - pierwsze zwycięstwo Pogoni'04 na wyjeździe w Nowej Rudzie 2:7, debiut Wojciecha Wójtowicza ( 16 lat) oraz Artura Nadolnego.

2005 luty 10 -spotkanie w Urzędzie Miasta w Szczecinie.

2005 kwiecień 17 - zakończenie rozgrywek sezonu 2004/2005. Druga lokata premiująca do gier o ekstraklasę w barażach. Radosław Kozieł został drugim najlepszym strzelcem w II lidze grupie Północnej - w sezonie 2004/2005 zdobył 16 bramek.

2005 kwiecień 22 - spotkanie ze sponsorami dotyczące przyszłości Pogoni'04 Szczecin w Szkole Salezjańskiej oraz przyszłej działalności jako stowarzyszenia.

2005 kwiecień 23 - Radan Gliwice został rywalem Pogoni'04 Szczecin w barażach o ekstraklasę.

2005 maj 03 - pierwsze barażowe spotkanie z Radanem. Wynik 8:4 dla Radanu. Była to pierwsza porażka w oficjalnym ligowym meczu w Szczecinie.

2005 maj 08 - zwycięstwo w Gliwicach 3:2 w drugim barażowym meczu. Niestety Pogoń'04 Szczecin nie awansowała do I ligi.

2005 wrzesień 02 - awans Pogoni'04 Szczecin do ekstraklasy! - decyzją Komisji ds. Futsalu PZPN nasza drużyna został dołączona do najlepszych drużyn w kraju. Z ligi wycofały się Baustal Kraków, Arpol Toruń i Marios Opole.

2005 wrzesień 05 - podpisanie w budynku klubowym przy ul. Karłowicza listu intencyjnego o współpracy MKS Pogoń Szczecin SSA z Pogonią'04 Szczecin. Jest to pierwsza w historii futsalu inicjatywa wspierania drużyny futsalowej przez pierwszoligowy klub z dużego boiska. W spotkaniu wzięli udział Krzysztof Waszak, Marek Pawlak oraz Maciej Karczyński.

2005 wrzesień 05 - zebranie komitetu założycielskiego stowarzyszenia o nazwie Miejski Klub Sportowy POGOŃ'04 Szczecin.

2005 wrzesień 09 - pierwszy trening pierwszoligowej Pogoni'04 na hali przy ul. Ku Słońcu. Zajęcia poprowadził trener Kazimierz Biela.

2005 wrzesień 23 - zarejestrowanie w Urzędzie Miasta Stowarzyszenia Miejski Klub Sportowy Pogoń'04 Szczecin.

2005 października 02 - pierwszy oficjalny sparing MKS Pogoni'04 Szczecin z Kanglidą Gorzów wygrany 7:1 (2:0).

2005 października 09 - inauguracja ekstraklasy Polskiej Ligi Futsalu - Pogoń'04 Szczecin Jango 2:4 (1:2). Historyczną pierwszą bramkę w I lidze strzelił Adam Celeban. Drugiego gola zapisał na swoim koncie Radosław Kozieł. Na trybunach zasiadło około 400 kibiców.

2005 grudnia 17/18 - pierwszy udział w Młodzieżowych Mistrzostwach Futsalu Nowa Ruda 2005 - czwarta lokata Pogoni'04.

2006 styczeń 26 - nowa szata graficzna strony internetowej.

2006 styczeń 27 - pierwsze spotkanie Pogoni'04 Szczecin przy komplecie publiczności z Clearexem Chorzów. Pierwsza porażka chorzowian w sezonie. Pogoń wygrywa 7:3!

2006 marzec 12 - debiut 16-letniego Mariusza Kileiszka w Pogoni'04 w meczu przeciwko Rekordowi Bielsko- Biała (6:2).

2006 marzec 17 - ostatni mecz w pierwszej lidze. Pogoń przegrywa z Radanem Gliwice 4:5, mimo prowadzenia na 7 mniut przed końcem 4:2. Porażka przy zwycięstwie Kupczyka Krakow w Chrzowie z Mareksem powoduje, że Portowcy musza grać w barażach.

2006 marzec 26 - pierwsze barażowe spotkanie z TPH Polkowice, podczas którego piłkarze byli dopingowani przez około 20 fanów z klubu Kibica Old Boys Pogodno oraz Pogoni Walczącej. Porażka 3:6, pomimo prowadzenia do 37 minuty 3:2.

2006 marzec 31 - drugie spotkanie barażowe wygrane przez portowców aż 13:3. Pogoń'04 do przerwy zdeklasowała rywali do przerwy prowadząc 8:0! Pogoń utrzymała się w ekstrklasie!

2006 czerwiec - Pogoń '04 organizuje nadmorski Futsal Baltic Cup. Portowcy zajmują czwartą lokatę. Zwycięża Grembach Łódź.

2007 kwiecień 29 - Pogoń '04 pokonuje w ostatniej kolejce ekstraklasy futsalu Grembach Łódź i utrzymuje się w lidze.

2007 czerwiec 08-10 - Drugi nadmorski turniej Futsal Baltic Cup. Tym razem Portowcy zajmują trzecią pozycję. Zwycięża PA Nova Gliwice.

2007 sierpień - Podpisano osiem profesjonalnych kontraktów.

2008 maj - Paweł Dąbrowski z 18 golami zostaje 7 strzelcem ligi.

2009 marzec - Pierwsza w historii zmiana trenera. Kazimierza Bielę zastąpił Gerard Juszczak.

2009 czerwiec - Pogoń '04 wygrywa Futsal Baltic Cup.

2009 grudzień - Młodzieżowy zespół wygrywa Młodzieżowe Mistrzostwa Polski w futsalu U-20.

2010 maj - Klub zajmuje piąte (najwyższe w historii) miejsce w ekstraklasie futsalu.

2010 czerwiec - Drugie miejsce w Futsal Baltic Cup.

2011 styczeń - Klub zatrudnia dwóch południowców.

2011 luty - Michał Kubik (21 lat) debiutuje w dorosłej reprezentacji i strzela w niej gola.